中國農業(yè)大學是我國現(xiàn)代農業(yè)高等教育的起源地，其歷史起自于京師大學堂農科大學。1898年，中國近代意義上第一所國立綜合性大學——京師大學堂建立，1905年，作為京師大學堂八個分科大學之一的農科大學開始籌建，這是形成中國農業(yè)大學的最早源頭。
從1905年到1949年，學校經歷了晚清、北洋和國民政府三個時期，校名和組織機構也隨政局變遷不斷演變。
1914年2月，農科大學改組為國立北京農業(yè)專門學校，開始獨立辦學，以“教授農業(yè)高等學術，養(yǎng)成專門人才”為辦學宗旨，是當時北京著名的國立八校之一。1923年3月，北京農業(yè)專門學校改為國立北京農業(yè)大學，以“ 改進農業(yè)及農民生活，培養(yǎng)各種農業(yè)專門人才，期與農民通力合作，蔚成農村立國”為新的辦學宗旨。1928年，國民政府改北京為北平，實行大學區(qū)制，將北京國立九校合并組建國立北平大學，農大旋即改為國立北平大學農學院。
1937年抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，北平大學遷往西安，與北平師范大學和北洋工學院等院校組成西安臨時大學。1938年，國民政府教育部以“發(fā)展西北高等教育，提高邊省文化”為由，命令西安臨時大學南遷漢中，改為國立西北聯(lián)合大學，臨時大學農學院改為西北聯(lián)大農學院。同年7月，西北聯(lián)大農學院與國立西北農林?？茖W校合并，組建國立西北農學院。
1946年10月，北京大學在北平復學，于原北平大學農學院院址重建農學院，作為北平大學農學院的恢復和延續(xù)。北京大學農學院匯聚了一大批學界才俊，并建立起比較完善的院系體制，為當時全國農業(yè)院校之冠，其中，土壤肥料學系和獸醫(yī)學系更是國內僅有。
1949年7月，輔仁大學農學院并入北京大學農學院。
